Tre uomini, amici fin dall'infanzia, svolgono ruoli importanti nelle loro comunità: professore, sindaco, banchiere... Ma quando una meteora cade non troppo lontano dalla città, il professor Gustav scopre che il meteorite emana una sorta di energia sconosciuta, e inizia una serie di esperimenti senza il permesso del sindaco. Finanziato dal banchiere, il professore costruisce una macchina malvagia che fa girare l'energia del meteorite fuori controllo, distruggendo la città e mutando le piante e gli animali. I cittadini vengono evacuati, ma i soccorritori non riescono a trovare ed evacuare due bambini. In Questerium: Sinister Trinity HD, tu interpreti l'investigatore assunto per lavorare al caso, e sta a te distruggere la macchina del male, salvare i bambini abbandonati, salvare la città e arrestare il professore!