Eine Klimakatastrophe hat den Planeten zerstört, danach hat sich die Menschheit praktisch selbst ausgelöscht. Nur wenige tausend handverlesene ‚Nachkommen der Menschheit’ haben die Apokalypse überlebt und befinden sich in unterirdischen Bunkern, genannt Archen, im kryogenen Tiefschlaf.
Jahrhunderte vergehen. Die Welt hat sich von der nuklearen Katastrophe erholt. Die Archen öffnen ihre Tore. Alle bis auf eine – Arche-01.
Der Spieler agiert auf zwei unterschiedlichen Zeitebenen: Einerseits in der Vergangenheit, als Hausmeisterin Mia, deren Aufgabe es ist, für das Überleben der kostbaren Nachkommen in Arche-01 zu sorgen, während ein Störfall auf den nächsten folgt. Andererseits in der Gegenwart, als Donnie, der in der Arche nach Überlebenden sucht und dabei Schritt für Schritt eine Verschwörung ungeahnten Ausmaßes aufdeckt.
Jede Entscheidung und jede Aktion des Spielers wirkt sich unmittelbar darauf aus, wer überlebt und wer stirbt. Das Schicksal von Arche-01 und damit der gesamten Menschheit liegt in deinen Händen. Wirst du die Menschheit retten? Oder sind wir alle dem Untergang geweiht?