Dopo che un cambiamento climatico ha distrutto il pianeta, un'estinzione ad opera dell'uomo ha spazzato via l'umanità dalla faccia della Terra. Solo alcune migliaia di "discendenti dell'umanità" sono stati selezionati per sopravvivere all'apocalisse, criogenicamente sospesi nei bunker sotterranei noti come Ark.
Secoli sono passati. Il mondo si è ripreso dall'olocausto nucleare e tutte le Ark sono state riaperte, eccetto una: Ark-01
L'azione si svolge in due differenti linee temporali. Nel passato giocherai come Mia, una guardiana con il compito di tenere vivi i preziosi discendenti ospitati dentro Ark-01 mentre la struttura intorno a lei continua a malfunzionare. Nel presente giocherai come Donnie, uno degli investigatori che cercano di salvare eventuali discendenti sopravvissuti rimasti intrappolati, ed al contempo scoprire una ben più grande cospirazione sepolta all'interno di Ark-01.
Ogni azione e scelta che fai influenzerà direttamente chi vive e chi muore, lasciando il destino di Ark-01 e l'umanità stessa nelle tue mani. Salverai l'umanità? O ci condannerai tutti quanti?