Faraday Protocol er et førsteperson-puslespill som tester forståelsen og intelligensen din samt utfordrer den kritiske tenkesansen din. Du er Raug Zeekon: en arkeolog fra planeten Cunor som forsker på stjernene. Du er sendt av selskapet ditt for å etterforske kilden til det mystiske signalet som kommer fra en uutforsket stjerne.
Bia Tool, en gammel relikvie til en fremmed sivilisasjon, er det første mysteriet du avslører når du ankommer OPIS. Du er usikker på hva som er hensikten med den, og derfor begynner du å bruke den for å løse utfordringer på ferden din. Den absorberer energi og kan brukes på ulike maskiner, og derfor graver du dypere og dypere inn i templene, hvor du støter på enda vanskeligere puslespill som tester hvor flink du er til å løse problemer. Er du smart nok til å løse alle utfordringene du møter?
Du møter en mystisk og robotisk stemme. Hun heter IRIS – en kunstig intelligens som er laget for å vokte OPIS sine gamle strukturer. Det virker som komplekset har vært forlatt i en evighet, men hvilken hensikt har det? Rommene er fylt med puslespill, og de blir stadig mer sofistikerte og utfordrende etter hvert som du spiller deg igjennom. Hvem bygget dem, og hvorfor ville noen bygge et treningsanlegg som dette på en planet som ellers er forlatt?