LEGO® Marvel™ Super Heroes inneholder en orginal historie på tvers av MARVEL universet. Spillerne tar kontroll over Iron Man, Spider-Man, the Hulk, Captain America, Wolverine og mange andre MARVEL-karakterer, som forenes i kampen for å stoppe Loki og andre MARVEL skurker fra å bygge et super-våpen med kapasitet til å tilintetgjøre kloden.