O universo de Sonic é lançado para o caos por causa de um misterioso poder que criou "buracos no tempo" e atirou Sonic e seus amigos para o passado. Lá, Sonic encontrará personagens familiares, inclusive uma versão mais jovem de si mesmo! Agora precisam de unir esforços para derrotarem os inimigos e descobrirem o cabecilha por detrás do acto diabólico.