無数のアンノウンが研究施設を攻撃。人々が殺戮されていくなか、“超能力”を発揮して逃亡する2人の少年少女、レイと沙綾香。その頃、G3ユニットに新しいメンバーが加入することが通告された。新たなるメンバーの名は深海理沙。果たしてその目的は一体何なのか。激増するアンノウンを前に、突如、封印されていたはずのG-4システムが出現してアンノウンを撃破し始める。しかし、その結果、大いなる危機が・・翔一・誠・涼・真魚たちが出逢った二人の少年少女。アギト・G3-X・ギルスそして新登場のG4。複雑に絡み合うそれぞれの運命の結末は!?仮面ライダーシリーズ30周年記念作品。原作:石ノ森章太郎(C)2001「アギト・ガオレンジャー」製作委員会 (C)石森プロ・東映